Nintendo has confirmed that there is a serious bug in the latest games Pokémon X and Pokémon Y and has issued a press release regarding the issue. They currently recommend that players do not save their game in the areas of Lumiose City (Miare City ミアレシティ) that are marked with the blue gradient on the map below. Nintendo apologized for the bug and indicated that they are working hard to fix the problem and that a patch will be posted on the Nintendo eShop soon. Saving in these areas can cause an corruption of the players save data and requires players to start the game all over again from the beginning.

Press Release - 任天堂株式会社 | ニンテンドー3DS専用ソフト『ポケットモンスター Ｘ・Ｙ』ミアレシティでのレポートについてのお願い

Thank you very much for enjoying the Pocket Monsters series. It has come to our attention that the Nintendo 3DS-exclusive games Pocket Monsters X and Y include a glitch that makes it unable for players to resume their game if data is saved in certain locations. Because of this, we will give you instructions on how to avoid this glitch as you play. We apologize to everyone for any inconvenience this glitch may have caused, and kindly ask you to note the following. Also, a game patch is being prepared for customers who have already been affected by the glitch. We will give you further instructions once the patch is ready.
いつも『ポケットモンスター』シリーズをお楽しみいただきまして誠にありがとうございます。2013年10月12日発売のニンテンドー3DS専用ソフト『ポケットモンスター Ｘ・Ｙ』に関しまして、ゲームデータのレポートを書く場所によっては、まれにゲームを再開した時に操作ができなくなってしまう症状が発生することが判明いたしました。つきましては、その症状を回避しながらプレイしていただける方法をご案内いたします。ご利用の皆様にはご不便をおかけいたしますが、下記にご留意いただきますようお願い申し上げます。なお、すでに症状が発生してしまったお客様向けに、修正プログラムを準備中です。こちらは準備が整い次第ご案内いたします。

Where the Bug Occurs: If you save the game in the parts of Miare City indicated on the map, then exit the game, the game may not function when you attempt to start it up again.
発生する症状: ミアレシティの一部の場所（下図参照）でレポートを書いてゲームを終了すると、まれにゲームを再開したときに操作ができなくなってしまうことがあります。

How to avoid the bug: Please do not save your game in the areas shown in blue on the map below. Note that even in Miare City, there is no issue with saving inside buildings, such as the Pokémon Centers.
症状の回避方法: 以下の青色で示したエリアではレポートを書かないようお願いいたします。なお、ミアレシティでも、ポケモンセンターなどの建物の中ではレポートを書いても問題ありません。

Information on what to do if you experience the bug: We are preparing a patch for repairing your saves, which will be available through the Nintendo e-shop in a few days. As soon as it is ready, we will inform players but for now we ask that you wait until its ready.
症状が発生した場合の対処について: お客様のレポートを修復するための「修正プログラム」を近日中に『ニンテンドーeショップ』より配信させていただく準備を進めています。準備ができ次第、改めてお知らせいたしますので、今しばらくお待ちいただきますようお願いいたします。

Source: http://www.nintendo.co.jp/3ds/ekjj/info/index.html